La implementación del Sistema de Autenticación Integral (SAI) en las 38.538 mesas de votación que se utilizarán en la elección presidencial del 7 de octubre no afectará el ejercicio del voto de los ciudadanos cuyas impresiones dactilares no se encuentren en la base de datos del CNE. 
Emplear el SAI en todas las mesas de votación obliga al organismo comicial a tener digitalizadas las impresiones dactilares de todos los votantes. Al momento de anunciarse el uso del SAI los técnicos electorales de los partidos políticos mostraron sus reservas con el procedimiento normativo que aplicaría el organismo comicial en los casos en que los dispositivos de identificación biométrica no pudiesen reconocer las impresiones dactilares de un elector, o las huellas dactilares de los electores no estuviesen en la base de datos del CNE. 
Según la propuesta de funcionamiento del SAI, elaborada por la Junta Nacional Electoral (JNE), se prevén cinco casos distintos de autenticación en las mesas de votación, en todos se permitirá el voto, aunque no sea posible la identificación biométrica del elector. 
Según la propuesta de la JNE el procedimiento común que se prevé aplicar a todos los electores para autenticarlos y permitirles votar consta de tres pasos: 1) Los miembros de mesa ingresarán el número de cédula de identidad del elector en el terminal del SAI (ver fotografía anexa) 2) El SAI verificará que el elector esté registrado para votar en la mesa en la mesa (máquina) en la que se introdujo el número de cédula de identidad. Si no está registrado en esa mesa terminará el proceso y deberá dirigirse a la que tenga asignada. 3) Si el registro es positivo se procederá a la captura de la huella. 
La identificación biométrica del elector antes de votar podrá generar cinco situaciones distintas: 1) Autenticación Válida. 2) Autenticación que no coincide con los registros del CNE. 3) Elector sin huellas dactilares registradas en el SAI. 4) Información insuficiente en el dedo del elector (huellas o capturas de baja calidad). 5) Elector con discapacidad de los miembros superiores. 
Si el SAI arroja como resultado una Autenticación Válida (esto debería ocurrir con los 13 millones de ciudadanos cuyas impresiones están en la base de datos del CNE) el presidente de mesa procederá a desbloquear la máquina de votación y el ciudadano ejercerá su derecho al sufragio. 
Si el SAI determina que la toma de la huella del elector no coincide con las almacenadas en la máquina de votación (Autenticación no coincide) deberá pasar el siguiente elector en cola para autenticarse, mientras el presidente de mesa solicitará al ciudadano cuya identificación no fue positiva que rellene la planilla de regularización. Este proceso no deberá interrumpir el flujo de la cola de electores. Una vez que el ciudadano entregue la planilla de regularización (con su datos, impresiones dactilares, etc.) el presidente de mesa desbloqueará la máquina para que el ciudadano pueda votar. 
Si se toma la huella del elector y el SAI indica que no se poseen registros de sus impresiones dactilares (Elector sin huellas registradas) el ciudadano deberá llenar también la planilla de regularización, al terminar de llenarla deberá registrar sus impresiones dactilares en el sistema (la JNE aún no decide si se registran dos o cuatro huellas, pulgares e índices). Acto seguido el presidente de mesa desbloqueará la máquina y el ciudadano podrá votar. 
Si al tratar de identificar al elector no existe información suficiente en la huella capturada o en la huella almacenada en la máquina (Información insuficiente) el ciudadano deberá llenar la planilla de regularización para proceder a votar. 
En los casos en que los electores carezcan de ambas manos o de los dedos pulgares e índices (Elector sin miembros superiores), le corresponderá al presidente de la mesa ingresar en el SAI su clave de habilitación, posteriormente (el presidente de la mesa) deberá registrar su huella en la máquina y proceder a desbloquear el equipo para que el ciudadano pueda ejercer su derecho al voto. 
En la propuesta de la JNE -que debe comenzara a discutirse mañana como parte del Reglamento Electoral- se aclara que las máquinas de votación poseen “una cola de no duplicidad” en la que ingresan -en orden aleatorio- todas las huellas de los electores que hayan sufragado, para evitar que vuelvan a intentar desbloquear el equipo.